سمّاها العرب الخانية، وحكمها العثمانيون أكثر من 3 قرون
تعدّ مدينة خانيا من أقدم المدن الإغريقية، إذ تم بناء المدينة على موقع مستوطنة كيدونيا القديمة، التي تعد إحدى أهم مدن جزيرة كريت وفقاً لهوميروس.
خلال العصور ما بعد الميسينية، ازدهرت المدينة بشكل كبير وبقيت كذلك حتى العصر الروماني، عندما أعلن أغسطس قيصر كيدونيا مدينة مستقلة. وقد تم تشييد العديد من البلدات والمعابد القديمة في المنطقة، مثل معبد أسكليبيوس في ليسوس.
في عام 823 م، كان أوّل احتكاك للمدينة مع الإسلام، إذ نجح الفاتحون المسلمون القادمون من الأندلس من فتح المدينة وتغيير معالمها إلى العربية، حتى إنّ اسمها الحالي كان من المسلمون الذين أطلقوا عليها اسم الخانية.
بعد الحروب الصليبية، عادت خانيا إلى الحكم البيزنطي لقرون طويلة، غير أنها صارت مقاطعة عثمانية منذ سنة 1645، وذلك بعد بعد حصار دام شهرين.
عزّز العثمانيون من قوة أسوار المدينة وقاموا بإعادة بنائها من جديد، ففي العهد العثماني عرفت مدينة خانيا الحمامات العامة والنوافير، وتحوّلت كنائسها إلى مساجد، وتحوّلت جزيرة كريت بأكملها إلى مدينة شرقية.
وبعد قرنين من استقرار الحكم العثماني في المنطقة، جاءت الانتفاضات المسلحة في جزر اليونانية لتهدد الوجود العثماني في كريت، فاندلعت العديد من الثورات المسلحة ضد الأتراك في محافظة خانيا، وبلغت ذروتها في الانتفاضة الكبرى عام 1821، والتي فشلت في تحقيق هدفها المتمثل في تحرير جزيرة كريت.
في ذلك الوقت، أصبحت جزيرة كريت تحت حكم باشا مصر محمد علي حتى عام 1841، عندما عادت إلى السيطرة العثمانية على جميع مناطق الجزيرة.
في عام 1898، تم إنشاء "الدولة الكريتية" في عهد الأمير جورج ملك اليونان، وهو نظام فريد ظلت كريت بموجبه جزءاً من الإمبراطورية العثمانية ولكن تحت حماية وضمان القوى العظمى: بريطانيا العظمى وفرنسا وروسيا وإيطاليا وألمانيا والنمسا. وتم إعلان خانيا عاصمة لجزيرة كريت.
احتلها الألمان في الحرب العالمية الثانية
في مايو/أيار 1941، وخلال الحرب العالمية الثانية، كانت خانيا ومطارها المهم في ماليم موقعاً لمعركة كريت الشهيرة، والتي هاجم فيها المظليون الألمان الجزيرة وقاموا باحتلالها.
كانت هذه هي المرة الأولى في التاريخ، التي يحاول فيها أي شخص القيام بغزو جوي فقط.
تعرضت المدينة لأضرار جسيمة من القصف الألماني خلال المعركة، وبعدها صارت المدينة مسرحاً لمعارك ضارية بين القوات البريطانية والألمانية، قبل أن تتحوّل إلى ثكنة عسكرية بريطانية بعد طرد الألمان منها، ومن هناك بدأ للمدينة بعدٌ إستراتيجي كبير دشنته لندن بإقامة قاعدة عسكرية في المدينة.
بعد انتهاء الحرب، أعيد بناء مدينة خانيا وتوسيعها، وخاصة الميناء الواقع في خليج سودا. وسرعان ما أصبحت المدينة وجهة سياحية بارزة، إذ صارت مداخيل السياحة جزءاً رئيسياً من اقتصاد المدينة.
تم القضاء على المظليين الألمان المختارين على يد الكريتيين غير المسلحين والقوات البريطانية والأسترالية والنيوزلندية القليلة التي تدافع عن الجزيرة.
تعرضت مدينة خانيا لقصف شديد من قبل القوات الجوية الألمانية، ولكن لحسن الحظ لم يكن الدمار كاملاً وتم إنقاذ العديد من المعالم التاريخية.